臺北市立聯合醫為照護市民健康，共有六個院區設置健檢中心(中興、仁愛、和平婦幼、忠孝、陽明、林森中醫院區)，編制有家庭醫學科、心臟內科與消化內科等專科醫師，配合專業護理師、營養師與技術員的服務，以及通過TAF、ISO15189認證之聯合檢驗中心，可有效控管每位顧客到院健康檢查的醫療品質。院區位置交通便利性，可搭程捷運後再步行約3~5分鐘抵達或搭程免費接駁車前往。(本院交通指南)
本院提供健康檢查分為門診體檢及自費健檢：
門診體檢：提供在職勞工、新進勞工、供膳餐飲人員等相關健康檢查，可採網路掛號「門診體檢」或至現場掛號方式辦理，詳細資訊請參閱門診體檢專區。自費健檢：提供3,500元、4,500元、8,000元、16,000元等健檢專案，如：市府員工健檢專案、好健康健檢專案、立肝見影健檢專案、好輕鬆健檢專案、公務人員健檢專案、腸保健康健檢專案、心血管健檢專案及全身磁振造影檢查….等專案套餐，可電洽院區健檢中心或至現場預約安排時間，詳細資訊請參閱自費健檢專區。